Доктор Данута Сэмпсон, приглашенный старший научный сотрудник Университета Суррея, вместе со своими коллегами приняла принципы открытых исследований, чтобы поддержать открытие новых биомаркеров, направленных на снижение смертности от сосудистых заболеваний, основной причины смерти во всем мире.
Точная оценка микроциркуляторного русла (наименьших сосудов в организме человека) может выявить биомаркеры, ведущие к снижению смертности от сосудистых заболеваний. Оптическая когерентная томографическая ангиография (ОКТА) представляет собой неинвазивный метод, позволяющий визуализировать микроциркуляторное русло сетчатки и кожи человека. Исследования OCTA проводились с использованием множества различных лабораторных и коммерческих клинических инструментов, протоколов визуализации, методов анализа данных и показателей, которые часто применялись непоследовательно и сообщались лишь частично, что приводило к запутанной картине, которая представляет собой серьезное препятствие для прогресса в открытии биомаркеров OCTA. .
Открытый обмен данными и программным обеспечением, а также перекрестное сравнение и объединение данных из разных исследований встречаются редко. Это отсутствие хорошей открытой научной практики препятствует созданию больших баз данных аннотированных OCTA-изображений здоровой и пораженной сетчатки и кожи, которые необходимы для изучения и определения характеристик конкретных состояний. Проект исследовательской группы направлен на устранение этого барьера путем внедрения и публикации общедоступного программного обеспечения, которое позволяет анализировать изображения OCTA прозрачным, согласованным и, в конечном счете, стандартизированным способом.
Команда использовала OCTA-изображения кожи для разработки и оптимизации набора инструментов для анализа OCTA-изображений. Они проверили оптимизированное программное обеспечение, используя изображения OCTA собственных и различных коммерческих и некоммерческих инструментов и образцов.
Исследователи создали интегрированный набор инструментов MATLAB—ImageJ (OCTAVA—OCTA Vascular Analyser) с удобным интерфейсом для обработки и анализа изображений OCTA. Количественные результаты различных изображений OCTA показали, что OCTAVA может точно и воспроизводимо определять показатели для характеристики микроциркуляторного русла . Программное обеспечение OCTAVA находится в открытых репозиториях, что способствует прозрачному и эффективному сотрудничеству. Исходный код доступен на Github . Скомпилированное приложение MATLAB или автономная версия программного обеспечения — для пользователя без лицензии MATLAB — доступны на Sourceforge или по запросу. Все программное обеспечение и исходный код являются открытыми по лицензии MIT.
Крупномасштабных наборов данных OCTA пока нет в широком доступе. Предоставление OCTAVA открытого доступа означает, что она может быть дополнительно подтверждена международными лабораторными и клиническими исследовательскими сообществами и в конечном итоге станет стандартизированным программным обеспечением для анализа данных OCTA. Это позволит создать большие межведомственные нормативные базы данных микрососудистой системы в норме и при патологии.
Такие большие наборы данных позволят определить наиболее чувствительные биомаркеры для различения здоровья и сосудистых заболеваний.
