Острый миелоидный лейкоз, или ОМЛ, является наиболее распространенным острым раком крови у взрослых и одним из самых трудно поддающихся лечению. Ученые из Орегонского университета здоровья и науки обнаружили потенциальную новую цель для его остановки: ген, который, когда он активен, предсказывает худшие шансы на выживание.
Это открытие является последним результатом проекта Beat AML Института рака OHSU Knight Cancer Institute — комплексной платформы для анализа ДНК и РНК клеток лейкемии, их чувствительности или устойчивости к лекарствам, а также результатов лечения более 800 человек с ОМЛ со всего мира. страна, которая пожертвовала образцы для усилий.
«Это дает нам лучшую дорожную карту для понимания этого заболевания», — сказал Джефф Тайнер, доктор философии, соавтор статьи, описывающей новые результаты в Cancer Cell . Тайнер — профессор биологии клеток, развития и рака в Медицинской школе OHSU. Первый автор Дэн Боттомли, магистр медицины, старший специалист по вычислительной биологии в лаборатории Шеннон Маквини, доктор философии, соавтор. Маквини — профессор и глава отдела биоинформатики и вычислительной биологии в Медицинской школе OHSU, а также директор по данным Института рака Найта. Боттомли и Маквини совместно руководили моделированием и анализом этой работы.
Все данные можно получить и запросить через интерактивную онлайн-платформу визуализации Vizome , разработанную группой Маквини. «Мы несем ответственность перед нашими пациентами за то, чтобы результаты, данные и инструменты, которые мы разрабатываем, были широко распространены для ускорения разработки новых методов лечения», — сказал Маквини.
Община геномных данных Национального института рака тесно сотрудничала с Боттомли, Тайнером и Маквини над выпуском необработанных данных, которые совпали с публикацией в этом месяце в Cancer Cell.
Каждый год более 20 000 американцев диагностируют ОМЛ и 11 000 умирают от него. Пятилетняя выживаемость у взрослых составляет 27%. Новые таргетные терапевтические препараты не оправдали возложенных на них надежд, поскольку рак развивается так быстро, что приобретает резистентность, что делает настоятельной необходимость в более эффективных методах лечения.
В новом анализе обширные данные об экспрессии генов в сочетании с клиническими результатами позволили исследователям сосредоточиться на гене PEAR1, который является одним из самых сильных предикторов того, выживет ли человек при ОМЛ. Общая выживаемость была значительно ниже у пациентов, у которых лейкозные клетки демонстрировали повышенную активность гена PEAR1.
«Это эквивалентно лучшим прогностическим признакам, которые у нас были», — сказал Тайнер. Результаты подтвердились при тестировании на независимых наборах данных, включая Атлас генома рака и Институт молекулярной медицины Финляндии. В наборах данных повышенная экспрессия PEAR1 означала, что пациенты с большей вероятностью умирали от ОМЛ.
Но исследователи также обнаружили, что особенности гена PEAR1 предполагают, что на него можно нацелить лекарства, чтобы остановить ОМЛ. Ген PEAR1 кодирует белок, обычно используемый тромбоцитами для передачи сигналов. Это означает, что лекарства могут быть разработаны для блокирования передачи сигналов PEAR1. Исследователи разработали антитела PEAR1, которые можно использовать для направления противораковых агентов к опухолевым клеткам. В предварительном исследовании нацеливания антител исследователи измерили экспрессию белка PEAR1 на поверхности опухолевых клеток из образцов пациентов с ОМЛ и обнаружили, что она сильно коррелирует с уровнями РНК PEAR1, используемыми для определения того, что наличие экспрессии PEAR1 означает более низкую вероятность выживание.
Богатый набор данных Beat AML позволил исследователям распутать закономерности реакции на лекарства. Нацеливание на стволовые клетки лейкемии, известные как «недифференцированные», потому что они не созрели в тип клеток, было основной целью исследований ОМЛ, основанных на идее, что устранение этих недифференцированных клеток приведет к коллапсу опухоли. Но это не сработало, потому что рецидив может быть засеян более зрелыми клетками. Опухолевые клетки находятся в разных стадиях созревания, что изменяет их реакцию на противораковые препараты. Например, некоторые препараты более эффективны против рака ОМЛ с менее зрелыми клетками, в то время как другие препараты более эффективны против рака ОМЛ с клетками в более зрелом состоянии.
Новое исследование, в котором приняли участие более 90 исследователей, показало, что опухоли могут демонстрировать признаки нескольких состояний созревания клеток, и что эффективность большинства лекарств и семейств лекарств значительно коррелирует с состояниями клеток. Выборка из 73 таких препаратов сгруппирована в три основные группы: одна с большей активностью в отношении стволовых клеток крови и состояний, подобных предшественникам, с меньшей эффективностью в отношении более дифференцированных типов клеток; другой показывает противоположную картину, с наибольшей активностью против более зрелых состояний, подобных дендритным клеткам и моноцитам; и третий кластер, демонстрирующий приглушенную активность в отношении обоих этих двух типов состояний клеток.
«Нам нужно начать использовать эту информацию о состояниях созревания клеток, чтобы по-новому взглянуть на рациональные комбинации лекарств», — сказал Тайнер. «Это может стать трамплином для быстрого планирования клинических испытаний новых комбинаций лекарств».