Новый портал данных под названием Cancer-Immu, созданный группой специалистов по биостатистике Медицинского центра Университета Вандербильта, может помочь клиницистам и исследователям рака предсказать, какие пациенты будут реагировать на ингибиторы иммунных контрольных точек. Имея данные из 3652 образцов для 16 типов рака, Cancer-Immu является крупнейшим порталом данных, связанных с блокадой иммунных контрольных точек, для изучения иммуногеномных связей.
Команда предоставила подробную информацию о портале открытого доступа в статье, опубликованной 13 декабря в журнале Cancer Research . Cancer-Immu объединяет крупномасштабные многомерные омические данные, включая генетические, групповые и одноклеточные транскриптомные, протеомные и динамические геномные профили. Он также объединяет клинические фенотипы.
Хотя ингибиторы иммунных контрольных точек могут спасти жизнь некоторым онкологическим больным, большинство пациентов не реагируют на иммунотерапию. Исследователи работают над идентификацией биомаркеров, которые предсказывают ответ, и Cancer-Immu предлагает комплексный функциональный портал для выявления иммунно-геномных связей.
«Это обеспечивает легкий доступ к иммуногенным данным и позволяет исследователям преобразовывать наборы данных omics в биологические идеи и клинические приложения», — сказал Ю Шир, доктор философии, заведующий кафедрой биостатистики в VUMC, заведующий кафедрой исследований рака Гарольда Л. Мозеса. один из старших авторов статьи. По словам Ци Лю, доктора философии, доцента биостатистики и другого старшего автора статьи, «Cancer-Immu охватывает наибольшее количество наборов данных и типов данных omics по сравнению с существующими базами данных с результатами реакции блокады иммунных контрольных точек».
Типы рака на портале данных включают меланому, немелкоклеточный рак легкого , метастатический уротелиальный рак, почечно-клеточный рак , рак мочевого пузыря , глиому, колоректальный рак , рак головы и шеи, рак пищевода и желудка, рак с неизвестной первичной причиной, рак желудка, рак молочной железы, гепатоцеллюлярная карцинома, рак предстательной железы, базально-клеточная карцинома и немеланомный рак кожи.
С помощью портала Cancer-Immu врачи и исследователи могут загружать и анализировать свои собственные данные или одновременно проводить совместный анализ с существующими данными. Они могут использовать либо метаанализ, либо панраковый анализ. Портал содержит коллекции трех типов данных омики: генетических, транскриптомных и данных отдельных клеток. Модуль панрака, который объединяет несколько наборов данных в один, улучшает обнаружение и анализ редких признаков. Специалисты по биостатистике отметили в исследовании, что, хотя метаанализ — статистическая оценка независимых исследований, сосредоточенных на одном и том же вопросе — не смог обнаружить значительных генных мутаций, панраковый анализ, который представляет собой более обширную оценку нескольких типов рака, обнаружил 182 гены с мутациями, в значительной степени связанными с ингибиторами иммунных контрольных точек.
«Cancer-Immu помогает устранить недостаток и проблему оценки эффективности известных биомаркеров и открытия новых сигнатур», — сказал первый автор исследования, доктор философии Цзин Ян, научный сотрудник Исследовательской лаборатории Шир.
