Согласно международному исследованию, проведенному Бангладеш с участием исследователя из Университета Бата, поездки в пределах своей страны в ответ на объявление правительства о национальной изоляции напрямую связаны с резким ростом числа случаев заражения COVID-19.
Исследование - первое в своем роде, объединяющее секвенирование генома и данные мобильного телефона - обнаружило прямую связь между массовой миграцией из Дакки, столицы Бангладеш (области с высоким уровнем инфицирования), и распространением коронавируса в остальной части страны. стране после того, как во время первой волны заражения в стране в марте 2020 года было объявлено о запрете на пребывание дома.
Есть надежда, что идеи этого проекта будут использоваться другими странами для отслеживания вируса и информирования о том, как правительства реагируют на новые вспышки.
Для исследования в Бангладеш консорциум ученых, в который входила доктор Лорен Коули из Департамента биологии и биохимии Университета Бата, исследовал пространственное распространение коронавируса во время первой волны Бангладеш, проанализировав последовательности генома 391 вирусного образца, взятого из разных части страны. Эта информация была объединена с анонимными данными о мобильности населения, полученными от Facebook и трех операторов мобильной связи. Этот анализ дал исследователям представление об эволюции вируса и позволил им отследить разное время и места появления новых линий вируса. Это также позволило авторам работать напрямую с правительством над выявлением проблемных вариантов (альфа и бета) в Бангладеш.
Исследователи установили, что большая часть распространения вируса из столицы во все другие районы страны произошла в течение трехдневного периода между объявлением правительством приказа о домохозяйстве и вступлением этого приказа в силу (23–26 марта, г. 2020). Данные о мобильности населения показали, что большая часть обычных жителей Дакки уехала из города в региональные города и деревни в связи с закрытием рабочих мест.
В результате выводов исследователей правительство Бангладеш ограничило междугородние поездки во время последующих волн инфекции, тем самым затруднив распространение вируса по тем же каналам, что и во время первой волны.
Как и в Бангладеш, в начале пандемии Великобритания дала время, чтобы пройти между объявлением более жестких ограничений COVID и введением новых правил. 19 декабря 2020 года в ответ на локализованное распространение нового варианта Alpha британский премьер-министр объявил, что Лондон и Юго-Восточная Англия выйдут на уровень готовности 4 уровня «оставайтесь дома», однако это произошло не раньше 21 декабря. что ограничения вступили в силу. В результате этого временного лага многие лондонцы уехали из столицы в другие части страны, унося с собой вирус.
Комментируя это, д-р Коули сказал: «Мы можем применить уроки, извлеченные из исследования в Бангладеш, к ситуации с COVID в других странах. Мы узнали, что лучше максимально сократить время между объявлением и введением интервенций по изоляции. В декабре 2020 года в Лондоне произошли массовые эвакуации, аналогичные тому, что мы наблюдали в Дакке в конце марта 2020 года. Их следует предотвратить в максимально возможной степени, чтобы ограничить общенациональное распространение вируса за пределами крупных столиц или других очагов заражения ».
Профессор Тахмина Ширин, директор IEDCR (департамента общественного здравоохранения национального правительства Бангладеш) и старший автор доклада Бангладеш, сказала: «Важно, чтобы мы продолжали собирать доказательства, чтобы помочь нашим политикам успешно сдержать распространение вируса.
«Наш консорциум предоставил множество бесценных идей, которые помогли лицам, принимающим решения, разработать важные политические решения в режиме реального времени. К ним относятся обеспечение обязательного карантина и изоляция путешественников, прибывающих из стран, где преобладала проблема, вызывающая озабоченность, введение мер изоляции и ограничение междугородное перемещение людей, запрещающее все международные рейсы из стран повышенного риска в Бангладеш ».
Доктор Коули, один из первых авторов исследования, внес свой вклад в проект, обучив ученых из Бангладеш с помощью Zoom секвенированию нанопор (технология, позволяющая анализировать фрагменты ДНК) коронавируса. Она также внесла большой вклад в анализ последовательностей, обнаруженных в различных частях Бангладеш после первой волны инфекции SARS-CoV-2.
Она сказала: «Из образцов, секвенированных во время первой волны, мы обнаружили, что 85% попали в три доминирующие линии. При изучении наших данных по секвенированию и мобильности в контексте графика вмешательств, которые были предприняты, мы обнаружили, что в период с марта 23-го, когда было объявлено о национальной изоляции, и 26 марта, когда изоляция вступила в силу, произошла массовая миграция из Дакки во все районы страны, что привело к рассредоточению этих трех линий по Бангладеш ".
Первые подтвержденные случаи COVID-19 были зарегистрированы в Бангладеш 8 марта 2020 года. Однако тестирование проводилось медленно в регионах за пределами Дакки, что затрудняло отслеживание распространения вируса во время первой волны. За неделю, закончившуюся 11 апреля, число новых случаев заражения в Бангладеш выросло на 1155 процентов, что является самым высоким ростом в Азии на тот момент.
На сегодняшний день в Бангладеш зарегистрировано почти 1,5 миллиона случаев коронавируса и почти 25000 смертей во время пандемии.
Команда ученых, участвующих в исследовании, продолжит заниматься секвенированием и анализом в Бангладеш. Исследователи тесно сотрудничают с членами правительства Бангладеш, которые возглавляют ответные меры общественного здравоохранения, чтобы гарантировать, что политические решения основываются на научных данных и последних данных о геноме в стране. Это привело к тому, что в Бангладеш были введены ограничения на междугородние поездки в ответ на результаты исследования первой волны.
Благодаря своей работе по надзору за геномом ученые также смогли выявить преобладание бета-варианта во время второй волны инфекции в Бангладеш. Еще одним положительным результатом этой работы является то, что страна разработала потенциал для реагирования на будущие вспышки и эпидемии.
Д-р Коули сказал: "Несколько групп бангладешских ученых внесли свой вклад в это и совместно создали банк последовательностей вируса SARS-CoV-2 в Бангладеш, который чрезвычайно важен для государственных органов здравоохранения, отслеживающих вспышку там. пандемия, будет огромным активом для общественного здравоохранения страны на многие годы вперед. Это то, чем Бангладеш может очень гордиться, и что другие страны, желающие внедрить геномный надзор с использованием сравнительно небольших ресурсов, могут извлечь уроки ».
Говоря о появлении новых вариантов коронавируса и связанном с ним риске, старший научный сотрудник icddr, b (международный научно-исследовательский институт здравоохранения в Бангладеш) и старший автор статьи доктор Фирдоуси Кадри сказал: «По мере того, как в SARS накапливается больше мутаций, -CoV-2 генетический код, будет больше вариантов, некоторые из которых могут иметь силу для прорыва естественного или индуцированного вакцинами иммунитета. Это уже очевидно - Бангладеш пережила вторую волну с бета-вариантом и в настоящее время борется с третьей волной. с вариантом Delta. Геномное наблюдение в реальном времени имеет решающее значение для понимания эффективности этих вакцин и разработки соответствующих стратегий для Бангладеш и за его пределами ».
Комментируя интеграцию геномных данных с данными о передвижениях людей, профессор Кэролайн Бакки, соавтор исследования и доцент кафедры эпидемиологии Гарвардской школы общественного здравоохранения Т.Х. Чана, сказала: «Эти новые потоки данных являются ценным дополнением к традиционным системам наблюдения, и это исследование показывает, как их можно использовать во время надвигающегося кризиса для получения информации, которую трудно получить каким-либо другим способом. Оно также подчеркивает потенциал подобных междисциплинарных подходов для преобразования общественного здравоохранения во время этой пандемии и в будущем ».
Это исследование является результатом консорциума, состоящего из Института Wellcome Sanger, Университета Бата и институтов Бангладеш, включая Институт эпидемиологии, контроля и исследований заболеваний (IEDCR), icddr, b (бывший Международный центр диарейных заболеваний. Research) и Институтом развития науки и инициатив в области здравоохранения (ideSHi), а также другими местными и международными организациями.
Статья опубликована на этой неделе в журнале Nature Microbiology .
