Исследователи представили детальное понимание иммунных реакций при раке, что ознаменовало значительный прогресс в этой области. Результаты были опубликованы в онлайн-выпуске Cell от 14 февраля в статье под названием «Протеогеномная характеристика опухолевого иммунитета при раке».
Используя данные более чем 1000 опухолей при 10 различных видах рака, исследование является первым, в котором интегрированы ДНК, РНК и протеомика (изучение белков), раскрывая сложное взаимодействие иммунных клеток в опухолях. Данные поступили от Консорциума клинического протеомного анализа опухолей (CPTAC), программы Национального института рака.
«Мы стремились улучшить наше понимание механизмов, лежащих в основе функционального нарушения иммунного ответа при опухолях. Тщательно исследуя гены и белки в опухолевых тканях, мы обнаружили различные закономерности активации и подавления иммунитета», — говорит Пей Ван, доктор философии. , профессор генетики и геномных наук в Икан-Маунт-Синай и ведущий автор статьи.
«Наша цель в раскрытии этих разнообразных иммунных подтипов — помочь клиницистам определить группы пациентов, более чувствительные к иммунотерапии. Выявление конкретных путей и клеточных переключателей для каждого подтипа также может стимулировать новые и творческие способы разработки методов лечения».
«Каждый тип иммунного ответа был связан с изменениями в функциях генов, например, с тем, как гены модифицируются, с сообщениями, которые они посылают, и с белками, которые они производят. способствовать разработке будущих стратегий иммунотерапии», — говорит Франческа Петралия, доктор философии, доцент кафедры генетики и геномных наук в Икан-Маунт-Синай и соавтор статьи.
Ключевым открытием стало то, что среди семи подтипов, выявленных с помощью передовых статистических моделей, пять включали опухоли десяти различных типов рака, что позволяет предположить общие иммунные реакции в этих опухолях.
«Когда мы видим общие иммунные реакции и схожие закономерности в поведении клеток при различных видах рака в одной и той же иммунной группе, это намекает на то, что определенные методы лечения, укрепляющие иммунную систему , могут хорошо работать при многих типах рака», — говорит доктор Ван.
Новый аспект исследования связан с глубокими фосфопротеомными данными, полученными для более чем 1000 опухолей. Эти данные позволяют исследователям увидеть, как изменяются белки.
«Благодаря фосфопротеомному профилированию более 1000 панраковых опухолей мы смогли с помощью вычислений обнаружить ряд ключевых новых мишеней для лекарств», — говорит Ави Мааян, доктор философии, профессор фармакологических наук, директор Центра Mount Sinai. по биоинформатике в Икан-Маунт-Синай и старший автор статьи. «Нацеливаясь на выбранные киназы с помощью небольших молекул или другими способами, мы сможем превратить опухоли, не реагирующие на иммунотерапию, в опухоли с лучшим ответом на иммунотерапию».
В рамках исследования инструмент машинного обучения, примененный к цифровым изображениям патологии, также продемонстрировал корреляцию между различными типами иммунных реакций и присутствием определенных иммунных клеток, что улучшило понимание окружающей среды внутри и вокруг опухолей.
Далее исследователи планируют дополнительно подтвердить свои выводы и использовать идеи текущих клинических исследований, посвященных иммунотерапии. Эти усилия направлены на оптимизацию разработки панелей биомаркеров для оценки эффективности лечения и определение усовершенствованных стратегий лечения.
В состав исследователей входят исследователи из Медицинской школы Икана на горе Синай в сотрудничестве с Консорциумом клинического протеомного анализа опухолей Национальных институтов здравоохранения, Онкологическим центром доктора медицины Андерсона Техасского университета, Комплексным онкологическим центром Сильвестра в Школе Миллера Университета Майами. медицины и другие.
В настоящее время проводятся совместные усилия в рамках CPTAC, включая протеогеномное исследование молекулярных механизмов, лежащих в основе ответов на лечение иммунных контрольных точек у пациентов с меланомой.
