Группа исследователей из Лондонской школы рака и фармацевтических наук, иммунологии и микробиологии Королевского колледжа и лаборатории системной биологии рака Института Фрэнсиса Крика под руководством профессора Франчески Чиккарелли опубликовала новую статью, демонстрирующую новое программное обеспечение для анализа сложных данные визуализации тканей.
Недавно разработанные технологии мультиплексной визуализации, такие как масс-цитометрия с визуализацией (IMC), позволяют детально исследовать состав клеток ткани, что имеет особое значение для картирования характеристик заболевания на уровне ткани и прогнозирования результатов лечения, которые зависят от тканевой среды, например, иммунотерапия рака. Эти методы обычно производят большие объемы данных высокой размерности, которые трудно анализировать и часто требуют нескольких инструментов и пользователей с вычислительным опытом.
SIMPLI (идентификация одиночных клеток из мультиплексированных изображений) — это гибкое программное обеспечение , которое объединяет все этапы анализа данных мультиплексированных изображений, предоставляя улучшенную альтернативу анализу данных изображений большого размера, в том числе и для неспециалистов. SIMPLI выполняет одноклеточный анализ каждого предметного стекла с пространственным разрешением, а также независимый от клеток количественный анализ экспрессии маркера для изучения особенностей, не обнаруживаемых на клеточном уровне. Он также выводит табличные и графические данные, облегчающие визуальную проверку результатов на каждом этапе анализа.
«Когда пару лет назад мы начали работать с многомерными данными IMC, у нас было не так много инструментов для их анализа. Было очень весело разработать собственный инструмент благодаря таланту Микеле Бортоломеацци, доктора философии. , студентка, финансируемая Центром CRUK KHP и использующая обширный опыт в области гистологии тканей профессора Джо Спенсера», — сказала профессор Франческа Чиккарелли.
Чтобы проверить производительность и универсальность SIMPLI, исследователи проанализировали изображения, полученные с помощью различных технологий обработки изображений, включая, помимо прочего, IMC, и отличающихся по происхождению, размеру и разрешению.
Королевский колледж Лондона был одним из первых учебных заведений в Европе, где разместился масс-цитометр Helios для визуализации, который доступен на платформе проточной цитометрии BRC.
