ДНК, плотно свернутая почти в каждой клетке человека, ежедневно подвергается тысячам повреждений и повреждений изнутри и снаружи, поэтому в человеческом организме выработалось множество высокоэффективных механизмов восстановления повреждений ДНК.
«У нас есть сложные механизмы для восстановления разрывов ДНК, и когда они дают сбой, мы в конечном итоге заболеваем. Мы накапливаем геномную нестабильность , мы накапливаем мутации, и многие болезни возникают из-за неспособности клеток восстанавливать ДНК», — говорит Рауль Мостославский. , доктор медицинских наук, научный содиректор Онкологического центра MGH и профессор онкологии (медицины) Лорел Шварц в Гарвардской медицинской школе.
Восстановление повреждений ДНК — палка о двух концах: если что-то идет не так, это может привести к таким заболеваниям, как рак и дегенеративные двигательные расстройства, но его также можно использовать для лечения многих форм рака с помощью лекарств, которые препятствуют способности ДНК восстанавливаться. , в результате чего раковые клетки перестают размножаться и умирают.
Предыдущие исследования механизмов репарации ДНК проводились с использованием систем, разработанных биохимиками для очистки белков, но эти системы имеют относительно низкий выход или «пропускную способность», объясняет Мостославский.
«Мы решили разработать высокопроизводительный анализ, чтобы попытаться идентифицировать факторы репарации более беспристрастно. В итоге мы разработали уникальную автоматическую систему на основе микроскопа для создания повреждений ДНК и сбора информации о белках, которые рекрутируются в эти типы репараций. повреждения», — говорит он.
Вместе с коллегами из Национального центра исследования рака в Мадриде и других центров в США, Канаде и Китае Мостославский и его коллеги из MGH и Гарварда разработали высокочувствительный метод визуализации механизмов репарации ДНК в действии. Используя эту технику, они идентифицировали девять новых белков, которые участвуют в восстановлении ДНК, и это открытие может помочь исследователям разработать новые лекарства от рака, а также методы повышения эффективности существующих методов лечения.
Они описывают свою технику — комбинацию высокопроизводительной микроскопии и машинного обучения — в журнале Cell Reports .
Сначала исследователи разработали высокопроизводительный микроскопический тест для анализа того, как белки притягиваются или исключаются из двухцепочечных разрывов ДНК. С помощью этой системы они создали библиотеку из 384 в основном неизвестных факторов и смогли определить, какие из этих белков активируются при повреждении ДНК.
Затем они провели экспериментальное исследование, следуя одному конкретному фактору, помеченному PHF20, который держится подальше от места повреждения ДНК, и обнаружили, что PHF20 исключен, поскольку он может мешать рекрутированию другого критического фактора репарации ДНК, помеченного 53BP1.